Le soutien de l'IFP à l’innovation passe aussi par un apport en capital aux PME organisant des levées de fonds pour développer et commercialiser de nouveaux produits et de nouvelles technologies. L’IFP a confié cette mission à deux fonds d'investissement spécialisés dans les éco-industries et les éco-énergies : Demeter et 3E.
Outre les dotations accordées à ces fonds, l'IFP leur apporte son expertise afin d'évaluer l'offre technique et les compétences des sociétés dans lesquelles ces fonds sont susceptibles d'investir.
Demeter est un des premiers fonds européens spécialisé dans les écoindustries et les écoénergies. Ce fonds a été créé en 2005 à l’initiative de la Caisse des dépôts (CDC Entreprises), de l’IFP et de Veolia Environnement. Il a levé 105 M€ auprès d'une vingtaine d'investisseurs institutionnels et prend des participations de 1 à 10 M€.
En 2008, l'équipe de gestion a créé un deuxième fonds, Demeter 2, avec les investisseurs historiques, dont l'IFP, et quatre nouveaux souscripteurs : Caser (compagnie d'assurance espagnole), Crédit coopératif, Dahlia Partners et Total. Parmi les nouveaux thèmes traités par Demeter 2 figureront l'aménagement, la construction durable et les transports propres, notamment les véhicules électriques.
Le fonds de capital-amorçage 3E (Emertec-Énergie-Environnement) finance de jeunes entreprises innovantes dont l’objet est de réduire l’impact des activités humaines sur l’environnement et de garantir un accès à une énergie durable, fiable et bon marché.
Créé en 2003 par l'IFP avec la Caisse des dépôts et consignations (CDC), le CEA et Natixis, ce fonds a investi dans 11 sociétés et achevé sa phase d'investissement en 2008.